Dado que el Borussia Dortmund juega al mismo tiempo contra el Newcastle United, lamentablemente el partido de Leipzig no se transmitirá en vivo por televisión. Después de la temporada, sólo uno de los mejores jugadores, Shinji Kagawa, dejó el club por el Manchester United. El club quedó eliminado tras una derrota por 0-1. El inicio de la nueva temporada no fue exitoso para el equipo, con sólo una victoria en los primeros diez partidos. La temporada representó el punto más bajo deportivo en la historia del club y en los años siguientes se convirtió en uno de los mejores delanteros de la historia del club. El holandés fue el primer entrenador extranjero en la historia del club. Carsten Müller volvió a hacerse cargo del primer equipo como entrenador interino hasta el final de la temporada. El director del centro de rendimiento juvenil, Carsten Müller, dirigió el FCM hasta el final de la temporada 2009/10 y llevó al equipo al sexto puesto. En la primera ronda de la Copa DFB 2009/10 el club se enfrentó al FC Energie Cottbus, descendido de la Bundesliga, y perdió el partido por 1:3. El 11 de noviembre de 2009, el director Bernd Hofmann anunció su dimisión de la dirección tras diferencias internas y falta de apoyo. En la Copa DFB 2013/14 Magdeburgo volvió a enfrentarse al FC Energie Cottbus. El 14 de mayo de 2014 Magdeburgo defendió la copa estatal.
Condujo al Magdeburgo a un decepcionante cuarto puesto y a la final de la Copa de Sajonia-Anhalt. En la copa, el 1. FC Magdeburg llegó a la final contra el Halleschen FC, que perdió por 3-4 en los penaltis el 14 de mayo de 2008. En la Copa DFB tuvieron que rendirse en la segunda ronda y perdieron en los penaltis ante el MSV Duisburg. En la primera ronda de la Copa DFB, el 96 venció al FC Nöttingen de la quinta división por 6-1. La mayor sorpresa de la ronda preliminar fue la miserable eliminación del subcampeón del mundo de 1962, la ČSSR. El auge deportivo del 1. FC Magdeburg comenzó a principios de la temporada 2012/13. El equipo llegó a la temporada 2008/09 como favorito al ascenso. Después de un comienzo de temporada fallido con tres derrotas en cuatro partidos, el FCM comenzó y terminó la primera mitad de la temporada en segundo lugar. Otro tema en los medios austriacos fue la búsqueda de un lugar para una nueva sede de ORF, ya que la antigua sede de la empresa en el distrito 13 de Viena ya no se consideraba actual por diversas razones, además de graves defectos estructurales.
En cada liga de la asociación descienden hasta cinco clubes a las ligas del grupo correspondiente (número de referencia: 17), dependiendo de los descendidos de la Hessenliga y del resultado de los partidos de descenso. Esto superó el récord anterior de cinco títulos establecido por el Ajax Amsterdam en 1972. El récord inicial de cinco partidos seguidos sin encajar un gol lo estableció el 1. FC Saarbrücken en la temporada 2022/23. Le sucedió el anterior entrenador del segundo equipo, Wolfgang Sandhowe. El descenso estuvo asegurado por una serie de cuatro victorias en los últimos cuatro partidos. Sandhowe fue relevado de sus funciones el 25 de octubre de 2011. En marzo de 2011, Ruud Kaiser fue relevado de sus funciones. Al comienzo de la segunda mitad de la temporada, el equipo sólo logró una victoria en los primeros seis partidos y la diferencia con el líder de la liga, Holstein Kiel, aumentó a diez puntos. El 31 de marzo de 2009 el entrenador Paul Linz fue despedido. El ex jugador Steffen Baumgart se hizo cargo del equipo como entrenador responsable. Todo comenzó en 1891, cuando los estudiantes Hugo Buli y Andra Nikolić fundaron un club de gimnasia llamado Soko ("El Halcón") en Belgrado, que allanó el camino para la eventual creación del primer departamento de fútbol de la región.
Luego, Bauer rescindió su contrato. El caso Daniel Bauer también causó revuelo en todo el país. En la final, Germania Halberstadt fue derrotada por 3-1 tras la prórroga ante 13.300 aficionados en el MDCC Arena. En la copa estatal, el equipo perdió en las semifinales por 0-1 ante el VfB Germania Halberstadt. El interés de los espectadores también cayó significativamente. Como en el fútbol humano, cada equipo tiene cinco oportunidades para disparar a la portería contraria. El equipo fue recompuesto por la dirección deportiva. La dirección deportiva se fijó como objetivo para la nueva temporada "la mitad superior de la tabla". El 1. FCM terminó la temporada en segundo lugar. El FCM fue el único perseguidor del TSG Neustrelitz en la segunda mitad de la temporada. La situación deportiva mejoró en la segunda mitad de la temporada y el club estuvo en grave peligro de descender. Después de años decepcionantes, el club se estabilizó. Ya en octubre de 2010, la junta directiva del club, encabezada por Volker Rehboldt, dimitió en su totalidad. Como resultado, el entrenador Steffen Baumgart y el director deportivo Michael Richter fueron despedidos el 23 de marzo de 2010. Otros jugadores clave fueron Nico Hammann, Steffen Puttkammer, Christopher Handke y el repatriado Lars Fuchs. El 5 de abril de 2012 Mario Kallnik fue nombrado miembro de la junta directiva.
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