En la temporada 1986/87 se incorporó al club el hermano de Klaus, Thomas Allofs, que también fue delantero y marcó 30 goles en 70 partidos de la Bundesliga. Apenas cuatro días después del rescate en la Bundesliga, tuvo lugar el partido de ida de la final en el Estadio Santiago Bernabéu de Madrid. El FC se adelantó 1-0 gracias a un gol de Klaus Allofs, pero antes del descanso se quedó atrás 1-2 gracias a un doble gol del Royal y, poco después del descanso, sufrió otro gol y se mantuvo en 1: 3 siguió siendo un resultado aceptable hasta poco antes del final, cuando el Real Madrid consiguió otro doble golpe y finalmente ganó 5: 1. A pesar de la insatisfactoria situación deportiva, Christoph Daum anunció que cumpliría su contrato hasta 2010, pero con la restricción de estar en Después de perderme el ascenso nuevamente en la temporada 2007/08, dejaré el FC al final de la temporada. Thomas Allofs fue el último máximo goleador del FC en la Bundesliga con 17 goles, pero tuvo que compartir este título con Roland Wohlfarth de Múnich. Además, Pierre Littbarski anunció recientemente su marcha y se trasladó al Racing Paris. Pierre Littbarski regresó a la ciudad catedralicia apenas un año después. Como campeones del mundo italianos, Pierre Littbarski, Paul Steiner, Bodo Illgner y Thomas Häßler también regresaron a Alemania desde Colonia, como lo hicieron cuando ganaron el título en 1954 y 1974.
Al final de la temporada, Thomas Häßler pasó a la Juventus de Turín, rival de las semifinales de la Copa de la UEFA y eventual ganadora, por la entonces récord de 14 millones de marcos alemanes, lo que de repente convirtió al FC en uno de los clubes más ricos de Alemania. Häßler se había mudado a Turín, pero en el momento del Mundial todavía tenía contrato con el FC. En el minuto 63, finalmente Müller sustituyó a Goretzka cuando el marcador estaba 0-0. En esto el equipo de Colonia no encontró remedio ante el fuerte trabajo defensivo de la Juventus, el partido terminó 0-0 y el FC quedó eliminado. En los cuartos de final, el equipo inicialmente tuvo la ventaja de jugar en casa contra el Royal Antwerp y ganó 2-0, por lo que un 0-0 en el partido de vuelta fue suficiente. El 11 de julio de 1938, en los cuartos de final, el equipo de Praga recibió por primera vez al AS Ambrosiana-Inter (ahora Inter de Milán). Los jugadores de la Serie A fueron elegidos Futbolista Europeo del Año un total de 18 veces, la mayoría de las veces, y los jugadores de la Juventus de Turín (ocho veces) y del AC Milan (siete veces) fueron elegidos con mayor frecuencia. En la Copa DFB 1990/91 el FC llegó por última vez a la final, ante el SV Werder Bremen. En la Copa de la UEFA se alcanzó por octava y última vez una semifinal de la Copa de Europa, cuatro de ellas en la Copa de la UEFA. En 1955 perdió el último partido de liga ante el Rheydter Spielverein por 2-1 y un año más tarde perdió el segundo puesto por 2-0 ante el descendido VfB 03 Bielefeld.
El nuevo portero fue Bodo Illgner, que ya había sustituido al sancionado Schumacher en los últimos partidos de la temporada anterior. Erich Rutemöller se convirtió en el nuevo entrenador para la temporada 1990/91. El comienzo de la temporada fue completamente fallido, después de siete partidos solo lograron una victoria y quedaron en el puesto 16. Luego se concedió a Georg Keßler una excedencia y Christoph Daum fue nombrado nuevo entrenador. También eran nuevos Armin Görtz y Morten Olsen, que luego fue entrenador en Colonia durante dos años. Sin embargo, el equipo pudo vencer a la Juventus en Rotterdam con dos goles de Julio Cruz. Después de eso, el equipo fue ascendiendo y permaneció durante mucho tiempo en el séptimo lugar de la tabla. Para sorpresa de todos, los kickers de Millerntor ganaron el primer duelo por 2-0. En la tercera ronda el rival fue el Estrella Roja de Belgrado, que ganó el partido de ida en Belgrado por 2-0, pero el Colonia dio la vuelta al duelo con una victoria en casa por 3-0. Se decidió que los respectivos ganadores de la temporada ascenderían a la 1.ª Bundesliga, mientras que los dos segundos de la tabla jugarían contra un tercer equipo ascendido en los partidos de ida y vuelta. Al final, el FC terminó tercero detrás de Bremen y FC Bayern, clasificándose así de nuevo para la Copa de la UEFA después de un parón de dos años.
Los británicos fundaron entonces el estudio NWDR Berlín, inicialmente como una sucursal de la estación de Hamburgo, en el edificio Heidelberger Platz 3 en Wilmersdorf, antecesora de la estación Freies Berlin fundada en 1953 (la emisión comenzó el 1 de junio de 1954). En su sector, a partir del 7 de febrero de 1946, los estadounidenses utilizaron los sistemas que aún se encontraban en el búnker de Heckeshorn, que se utilizaron durante la guerra para transmitir informes de la situación aérea a través de la red telefónica. En la Bundesliga pudimos aprovechar el buen desempeño del año pasado. Si bien el equipo quedó avergonzado por la derrota por 1-0 contra el Viktoria Aschaffenburg en la segunda ronda de la Copa DFB, en la Bundesliga jugó consistentemente bien y tenía muchas posibilidades de ganar el campeonato, que finalmente consiguió el Werder Bremen. Aunque lo intentaron todo, incluso que los propios jugadores caminaran por Berlín para entusiasmar al mayor número posible de espectadores con la final, al final sólo se perdieron 16.185 espectadores en la zona amplia. Tras regresar a la liga nacional, el BFV tuvo un nivel mediocre, pero al final tuvo que regresar a la cuarta división. El 1. FC Union logró clasificarse en la temporada 1990/91 al terminar primero en la liga, pero fracasó en su grupo de descenso y la temporada siguiente compitió en la NOFV Oberliga (que entonces todavía era la tercera división). Durante esta fase, muchos jugadores se marcharon a Occidente y el número de espectadores también cayó rápidamente.
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